Como personagem principal da série, Naruto normalmente tem um papel de destaque nos episódios. No início da história, Naruto se concentra em melhorar suas habilidades ninja e em alcançar seus próprios objetivos, enquanto os eventos principais ocorrem em outros locais. Após a invasão da Aldeia da Folha, Naruto tem contato com a Akatsuki, uma organização criminosa que tem como meta remover a Raposa de Nove Caudas de seu corpo. Mesmo depois que Jiraiya expulsa a gangue, as interações de Naruto com a Akatsuki se tornam um conflito central da história. Somente depois que Sasuke decide abandonar a Aldeia da Folha é que Naruto toma um papel de liderança no enredo, se juntando a um time ninja dedicado a impedir que Sasuke se alie às forças inimigas. Naruto e Sasuke posteriormente se enfrentam, mas não têm coragem de eliminar um ao outro. Os dois seguem seus próprios caminhos, mas Naruto não desiste de Sasuke e parte com Jiraiya em treinamento para se preparar para seu próximo encontro. Pein, líder da Akatsuki, volta a treinar até conseguir derrotar todos os seis corpos de Pein e convencer Nagato, o Pein real, a deixar a Akatsuki. Naruto continua ainda a encontrar Sasuke e trazê-lo de volta. Ele e seu time conseguem localizá-lo, mas a rápida evolução de Sasuke o transforma em um oponente que o time não é capaz de enfrentar. Após descobrir que Sasuke se afiliou à Akatsuki e ter acesso à verdade sobre o passado do amigo, Naruto decide enfrentar Sasuke sozinho. Nos recentes capítulos do mangá, após a morte de Pain para a restauração da vida em Konoha, Uchiha Madara, que usa o codinome "Tobi" vai atras de Konan, a fim de descobrir onde esta o corpo de Nagato(Pain), a fim de obter os olhos do Rinnengan e ao encontrar o corpo diz que Nagato usou tanto seus poderes que "até os cabelos vermelhos, marca do clã Uzumaki, embranqueceram", deixando no ar uma questão de parentesco entre Pain e Naruto, apesar do Naruto ser loiro, sua mãe, Kushina, tinha os cabelos vermelhos, porque tanto a mãe de Nagato e Kushina eram parecidas, idênticas.
SASUKUE UCHIHA
Sasuke Uchiha é o sobrevivente do famoso Clã Uchiha, junto com seu irmão mais velho, Itachi Uchiha e Madara Uchiha(antigo líder do clã Uchiha). Atualmente somente Sasuke e Madara são os sobreviventes deste clã. Sasuke tem como principal objetivo de vida se tornar um ninja poderoso para poder matar seu irmão mais velho, Itachi Uchiha e vingar seu clã. Por ser membro do clã Uchiha, possui o Sharingan.
Sasuke percebe que muito tempo se passou, e que neste tempo Naruto (o pior da turma na escola ninja) sempre tinha habilidade mais desenvolvidas que ele, e que se continuasse "brincando de ninja", como ele mesmo disse, nunca conseguiria um poder suficiente para se vingar do irmão. Então, aceitando seu destino de vigador, desiste de sua vila e se alia ao Sannin das Cobras (Orochimaru), para ter um treino mais eficaz.
Então o Quarteto do Som lhe dá o Selo Amaldiçoado Nível 2 enquanto o leva para a Vila do Som. Quando Sasuke se recupera, luta contra Naruto, que o seguia. Naruto então promete que vai levar seu amigo de volta para casa, e Sasuke jura que irá matá-lo, para conseguir o poderoso Mangekyou Sharingan, que só pode ser obtido, segundo Itachi, matando o melhor amigo, mas a luta é interrompida, e Sasuke escapa e desaparece por algum tempo. Quando Naruto o encontra novamente, Sasuke revela o recém-evoluído Sharingan nível 3 e com este finalmente descobre o poder enorme da Kyuubi. A luta termina com o choque das técnicas mais fortes de cada um, Sasuke com o Chidori e Naruto com o Rasengan. Naruto consegue apenas arranhar o hitaiate de Sasuke (que usa sua asa para tirar um pouco do dano) e fica inconsciente, mas Sasuke desiste de matá-lo, e resolve conseguir o Mangekyou Sharingan a seu próprio modo, até mesmo porque não queria seguir os mesmos passos do irmão. (Esta luta ocorreu no Vale do Fim onde Madara Uchiha e Hashirama Senju lutaram, as duas estátuas no local são em homenagem aos dois.)
SAKURA HARUNO
Sakura acompanha os outros integrantes do Time 7 em todas as missões iniciais, mas pouco faz para contribuir nas batalhas em que participa. Ao invés disso, ela aguarda que seus parceiros derrotem os oponentes e se vale da proteção deles. Durante o exame Chuunin, os outros integrantes de sua equipe precisam ser protegidos por ela, que percebe que depender de terceiros para ganhar batalhas não foi um passo inteligente. Ela resolve então refinar suas habilidades ninja a partir desse ponto e assume um papel mais ativo nas batalhas do Time 7. Depois que Sasuke abandona sua equipe e Naruto não consegue trazê-lo de volta, Sakura se vê incapaz de ajudá-los e resolve estudar com Tsunade para conseguir fazer mais por seus parceiros no futuro.Sakura se torna mais ativa a seguir, como visto em sua luta sobre Sasori, integrante da Akatsuki. Graças ao sucesso nessa batalha, Sakura consegue descobrir mais informações sobre o paradeiro de Sasuke. Naruto, Sakura e os outros membros do Time 7 usam essa informação para encontrar Sasuke, mas novamente não conseguem impedir que ele fuja. Sakura depois decide enfrentar Sasuke quando conclui que ele se tornou uma ameaça, e tenta acabar com ele sozinha após encontrá-lo. Porém, Kakashi a substitui quando ela falha em tal missão.
KAKASHI HATAKE
Kakashi Hatake é conhecido como "Ninja Copiador" por ter copiado mais de mil jutsus. Ele já foi sensei de alguns grupos de Gennin's recém-saídos da academia, mas até o início da série nunca passou nenhum deles.
Ele pensa somente em ter uma vida simples, sem muitos problemas. Ele é muito pessimista, não tem muita confiança em si e odeia escrever. Por isso sempre foi mal nas provas do seu professor da Academia, Iruka Umino.
KAKASHI HATAKE
Kakashi Hatake é conhecido como "Ninja Copiador" por ter copiado mais de mil jutsus. Ele já foi sensei de alguns grupos de Gennin's recém-saídos da academia, mas até o início da série nunca passou nenhum deles.Quando virou jounnin, sua primeira missão foi ser líder de seus amigos e companheiros Uchiha Obito e Rin na destruição de uma ponte que levava suprimentos para o país da Pedra. Numa batalha sua amiga Rin é sequestrada. Kakashi, de início, diz que eles devem seguir a missão, já que se eles forem resgatar a Rin eles correm o risco de não completa-la.Mas Uchiha Obito briga com Kakashi e diz que aquele que não se importa com companheiros é o pior lixo que existe, e vai atrás de Rin. Kakashi aparece depois. Tentando salvar Obito, Kakashi fere seu olho esquerdo, ficando cego dele, e Obito desperta o Sharingan. Eles resgatam Rin, mas Obito fica esmagado embaixo de uma pedra. Ele pede que Rin tire o Sharingan dele e passe para Kakashi. Kakashi percebe o quanto foi tolo, e decide seguir os conselhos do amigo, compartilhando de sua filosofia.
É responsável pelo treinamento do Time 7, formado pelos recém-shinobis Naruto Uzumaki, Sasuke Uchiha e Sakura Haruno. É possuídor do Sharingan podendo inclusive mais tarde utilizá-lo até em sua forma mais avançada, o Mangekyou Sharingan, que foi um presente de um amigo morto em uma luta. Kakashi também ensinou o Chidori, uma técnica de sua criação, a Sasuke, acreditando que seria um ótimo aliado na vila. Atualmente tem uma personalidade preguiçosa e despreocupada, mas ainda assim é considerado um dos mais poderosos dos jounins da Aldeia da Folha.
Ele faz testes para que genins. Naruto, Sakura e Sasuke entendem o que ele quer dizer e entram para o time dele. Kakashi, depois, treina Sasuke com o uso do Sharingan, e o ensina o Chidori. Kakashi tenta fazer Sasuke esquecer seu passado e sua vingança, mas sem sucesso, já que este é muito determinado . Assim ele fica algum tempo sem seus genins, já que Naruto saiu comJiraiya e Sakura está com Tsunade.
SHIKAMARU NARA
Ele pensa somente em ter uma vida simples, sem muitos problemas. Ele é muito pessimista, não tem muita confiança em si e odeia escrever. Por isso sempre foi mal nas provas do seu professor da Academia, Iruka Umino.Dois anos e meio após a partida de Uchiha Sasuke Shikamaru passeava juntamente com Temari quando é abordada por Haruno Sakura que lhe pergunta se ele se lembra da pessoa que a acompanha, Nara Shikamaru reconhece instantaneamente Uzumaki Naruto, e lhe diz que ele parece menos burro, mas Haruno Sakura logo desmente a observação de Nara Shikamaru. Nara Shikamaru conta que ele e Temari são agora a ligação de Aldeia da folha e Sunagakure no Sato, já que ambos são resposáveis pela organização do Chuunin Shiken, Nara Shikamaru também comenta que Uzumaki Naruto é o único Gennin do grupo, onde todos já são Chuunins, sendo que Temari, Hyuuga Neji e Kankuro já são Jounins.Quando Naruto pergunta sobre Gaara,recebe a notícia que ele já está em um nível muito superior a jounin,Gaara havia se tornado o Kazekage.
INO YAMANAKA
É uma jovem e bonita ninja, companheira de Chouji Akimichi e Shikamaru Nara, treinados por seu sensei Asuma Sarutobi. Trabalha na floricultura de sua família, tendo grande conhecimento sobre flores, conseguindo fazer arranjos florais com extrema facilidade. Desde pequena, Ino disputou o amor de Sasuke Uchiha com muitas garotas, inclusive Sakura Haruno. Ino foi criada por seu pai, Inoshi Yamanaka, e ele foi o responsável pelo treinamento da menina até ela se tornar Genin. E foi com ele que Ino aprendeu os jutsus exclusivos de seu clã.Dois anos e meio após a partida de Naruto volta de sua jornada com Jiraiya e já estava importunando Nara Shikamaru e Akimichi Chouji, para que esses o levassem em uma missão, quando são atacados por estranhas feras de tinta, e logo percebem seu atacador (que possuía um Haitate de Aldeia da folha) sentado sobre uma casa e decidem levá-lo para interrogatório. Nara Shikamaru,Akimichi Chouji e Uzumaki Naruto iniciam seu ataque, revidado pelo estranho ‘’Shinobi Da Folha’’, mas ele desaparece em meio a jatos de tinta, nesse momento surge Yamanaka Ino dizendo queSarutobi Asuma estava à procura de Nara Shikamaru e Akimichi Chouji , mais tarde descobre que o estranho era Sai o substituto de Uchiha Sasuke no Time Kakashi.
CHOUJI AKIMICHI
É calmo, paciente, às vezes até bobo, porém tem um coração gentil. Odeia que o chamem de gordo, já que segundo Chouji isso é por causa de seus ossos grandes. Uma de suas maiores filosofias é "a última mordida tem que ser saboreada". Todos subestimam Chouji, até ele mesmo, com exceção de Nara Shikamaru, que vê um grande potencial no amigo.Dois anos e meio após a partida de Uchiha Sasuke Uzumaki Naruto volta de sua jornada com Jiraiya e já estava importunando Nara Shikamaru e Akimichi Chouji, para que esses o levassem em uma missão, quando são atacados por estranhas feras de tinta, e logo percebem seu ‘’atacador’’ (que possuía um Haitate de Aldeia da folha) sentado sobre uma casa e decidem levá-lo para interrogatório.
SHINO ABURAME
Aburame Shino é um calmo e reservado Shinobi (Ninja), companheiro de Inuzuka Kiba e Hyuuga Hinata do Time 8, treinados por Yuuhi Kurenai. Membro do Clã Aburame, sua habilidade especial é a capacidade de controlar insetos que moram em seu corpo, chamados Kikai, em troca de Chakra para alimentá-losUzumaki Naruto havia saido de Aldeia da folha para treinar com Jiraiya, e volta dois anos e meio depois, Uzumaki Naruto não reconhece Aburame Shino ao se encontrar com ele, o que deixa Aburame Shino muito irritado e triste, pois Uzumaki Naruto havia reconhecido todos os outros, e Aburame Shino diz que isso evidência que na verdade Uzumaki Naruto não era seu amigo. Logo la na frente em um episodios finais de Uzumaki Naruto ele,e afetado pelo coraçao,da Ino e o mesmo por ela.KIBA INUZUKA
Kiba é um barulhento e inquieto ninja da Equipe 8, treinado por Yuuhi Kurenai. Ele é integrante do Clã Inuzuka, conhecido por usar cães como parceiros. Inuzuka é um nome japonês irregular, Inu vêm de cão, enquanto que Kiba significa presa (dente). Kiba tem uma relação muito forte com seu parceiro, o cão Akamaru, chegando a ponto de lutarem juntos. Kiba consegue comunicar com Akamaru, além de terem um olfacto e umaaudição muito apuradas. Os seus principais jutsus são realizados com Akamaru. Ambos nasceram no mesmo dia, 7 de julho. Faz parte do time Kurenai, com Hyuuga Hinata e Aburame Shino, com Yuuhi Kurenai como líder.Dois anos e meio depois, quando já é Chuunin, reencontra seu amigo Naruto, que fica muito feliz ao vê-lo novamente. Ele diz que Naruto cresceu, mas Naruto diz que Akamaru cresceu ainda mais(Akamaru estava tão grande que Kiba conseguia subir nele), e Kiba diz não ter notado que seu cão cresceu. Naruto pede que ele vá junto na missão ao esconderijo de Orochimaru mas ele recusa dizendo que estava indo para uma missão e que só estava esperando Kurenai.
HINATA HYUUGA
Hinata é a mais tímida kunoichi de konoha. Ela admira profundamente Naruto desde criança, e , nunca declarou isso para ele. Quando completou doze anos, ela virou Gennin, e foi colocada no time 8, junto com Kiba Inuzuka e Shino Aburame, e sua sensei era Kurenai Yuuhi. Mesmo depois de 2 anos e meio sem ver Naruto, Hinata continua admirando profundamene ele. Naruto está procurando um novo integrante para seu time que iria a uma missão no País da Grama, ele pediu aos membros do Time 8 para que um deles o acompanhasse mas eles já tinham uma missão com Kurenai. Quando Naruto fala com Hinata ao perceber que ele estava tão perto de seu rosto, Hinata desmaia.
NEJI HYUUGA
Ele é do time de Tenten e Rock Lee. Acredita que uma pessoa nasce predestinada a algo, e que não importa o quanto ela lute, ele não irá mudar, pois seu destino está traçado. Assim ele se conformou com a situação dele mesmo, de mero protetor da família principal. Ele é frio, orgulhoso, prepotente, arrogante. Depois de ser derrotado por Uzumaki Naruto seus conceitos mudaram e ele virou praticamente outra pessoa. Odiava Hyuuga Hinata, mas depois passou a compreender um pouco mais a história dos Hyuuga, fazendo a fúria desaparecer.Treinou duramente com Hyuuga Hiashi até virar um Jounin, já o resto dos nove Genins de Aldeia da folha apenas eram Chuunins, menos Uzumaki Naruto que saiu da vila para um treinamento e ficou como sannin, pois ele não havia graduado-se no Chuunin Shiken.
Mandado para auxiliar Uzumaki Naruto, Hatake Kakashi e Haruno Sakura na missão de resgate do Kazekage Gaara, sua equipe manteve-se a mesma: Maito Gai, como Jounin líder, Tenten, Rock Lee e Hyuuga Neji. Seu time acaba se deparando com Hoshigaki Kisame no caminho para o encontro com o outro , que o aprisionou em bolhas d'água, juntamente com Tenten e Rock Lee, apenas Maito Gai continuava a lutar com ele. Hyuuga Neji após uma distração de Hoshigaki Kisame consegue libertar-se, usando seu Byakugan para achar um tipo de abertura na sua prisão de água, usando a técnica Juuken para libertar seu parceiros. Maito Gai venceu a luta, mas descobriu que aquele Hoshigaki Kisame era falso. Quando ele reencontrou o outro time (Uzumaki Naruto,Hatake Kakashi, Haruno Sakura, Tenten, Maito Gai e Rock Lee) eles tiveram de abrir a passagem do esconderijo da Akatsuki, mas a entrada possuia tipo especial de selo, Gofuu Kekkai, que ao ser quebrado criava uma cópia de cada um que havia quebrado o selo, com isso Hyuuga Neji, Tenten, Rock Lee e Maito Gai tiveram de lutar com suas cópias, sendo essas com a mesma força de seus originais. Para derrotar suas cópias o time Gai deve de elevar a sua força e utilizar seus melhores ataques. Ajudou seu time a encurralar Deidara que se explodiu para poder fugir, a missão foi bem sucedida, levando o Kazekage Gaara com vida para Sunagakure no Sato, e depois todos voltam para Aldeia da folha.
ROCK LEE
É um jovem engraçado, Rock Lee faz parte do Time Gai, com Maito Gai como o seu sensei, e com Hyuuga Neji e Tenten como seus colegas de equipe.Seu sonho é provar que, mesmo não podendo usar técnicas de Genjutsu ou Ninjutsu, ele pode ser um excelente ninja, através do trabalho duro. Sendo assim, seu treinamento é baseado em técnicas de Taijutsu (combate corpo-a-corpo), sendo capaz também de abrir seis (dos oito) portões de chakra, e, por consequencia, sendo tambem capaz de usar a Lótus Secundaria (Omote Renge) e a Lótus Reversa (Ura Renge).
O taijutsu, Juuken Ryuu, usado por Neji, é considerado o melhor taijutsu de Konoha. Com o Hakkeshou Kaiten Lee, nem ao menos, consegue chegar perto dele. Por isso, Lee decide que vai derrotar Neji e provar para ele que um fracassado, com trabalho duro, pode vencer um gênio.
Tanto trabalho duro o deixou forte, ágil, conseguindo a proeza de abrir cinco portões de chakra e no futuro, sendo um dos maiores especialistas em taijutsu do mundo.
TENTEN MITSASHI
Tenten é a kunoichi do time 9,tendo Maito Gai como sensei,e como seus companheiros Rock Lee e Neji Hyuuga. É calma, inteligente, bonita, companheira, atenciosa e especialista em armas. É amiga de Rock Lee, mas vive brigando com ele por causa de seu treinamento forçado. Seu maior sonho é ser uma kunoichi tão forte quanto a lendária Tsunade,por quem tem muita inspiração.
Dois anos depois, seu time foi chamado para ajudar o time Kakashi na missão de resgate do Kazekage Gaara das mãos da Akatsuki.No caminho encontararam Hoshigaki Kisame,durante a luta ele prendeu Neji,TenTen e Lee dentro de uma prisão de água.TenTen segurou o folego,mas no fim não conseguiu e quase desmaiou se não fosse Neji que a soltou da prisão de água,libertando assim,Lee e ela. Depois abraçando-a para ajudá-la a se recompor. Kisame Hoshigaki (akatsuki) foi derrotado por Maito Gai, que descobriu que era apenas um falso Kisame. Ao chegarem no esconderijo, seu time se separou, para quebrar a barreira da entrada secreta da akatsuki. Ao desativar uma das cinco partes do selo protetor, uma cópia sua foi criada. Lutou contra seu clone, a vencendo com dificuldade,pois seu jutsus,força,velocidade e etc... a clone tinha,então TenTen e seu time para vencer seus clones tinham que ser mais fortes,do que eram á 12 horas atras,e assim derrotou-a .Depois, ajudou a encurralar Deidara, que fugia de Uzumaki Naruto e Hatake Kakashi.
TENTEN MITSASHI
Tenten é a kunoichi do time 9,tendo Maito Gai como sensei,e como seus companheiros Rock Lee e Neji Hyuuga. É calma, inteligente, bonita, companheira, atenciosa e especialista em armas. É amiga de Rock Lee, mas vive brigando com ele por causa de seu treinamento forçado. Seu maior sonho é ser uma kunoichi tão forte quanto a lendária Tsunade,por quem tem muita inspiração.Dois anos depois, seu time foi chamado para ajudar o time Kakashi na missão de resgate do Kazekage Gaara das mãos da Akatsuki.No caminho encontararam Hoshigaki Kisame,durante a luta ele prendeu Neji,TenTen e Lee dentro de uma prisão de água.TenTen segurou o folego,mas no fim não conseguiu e quase desmaiou se não fosse Neji que a soltou da prisão de água,libertando assim,Lee e ela. Depois abraçando-a para ajudá-la a se recompor. Kisame Hoshigaki (akatsuki) foi derrotado por Maito Gai, que descobriu que era apenas um falso Kisame. Ao chegarem no esconderijo, seu time se separou, para quebrar a barreira da entrada secreta da akatsuki. Ao desativar uma das cinco partes do selo protetor, uma cópia sua foi criada. Lutou contra seu clone, a vencendo com dificuldade,pois seu jutsus,força,velocidade e etc... a clone tinha,então TenTen e seu time para vencer seus clones tinham que ser mais fortes,do que eram á 12 horas atras,e assim derrotou-a .Depois, ajudou a encurralar Deidara, que fugia de Uzumaki Naruto e Hatake Kakashi.
